Luego de actualizar de QGIS 2.14 a 2.16 desaparecieron los algoritmos de procesamietos vectorial del menú. Para solucionarlo en Linux desinstalé la aplicación y borré las carpetas /home/miusuario/.qgis2 y /usr/share/qgis/ . Luego de borrar, reinstalé la aplicación y pude tenera acceso a las herramientas del menú vectorial. Este error tiene que ver con que el plugin ftools ha sido añadido directamente como herramientas de procesamiento en la versión 2.16.