Si actualizaste a QGIS 2.8 desde 2.6 o una versión anterior,
seguramente te encontrarás con que no puedes ejecutar los procesos
de SAGA desde las herramientas de proceso (Processing Toolbox). Esto
puede ser debido a que tengas instalada una versión menor a 2.1.2 de
SAGA GIS.
Si usas Ubuntu, la versión de SAGA GIS que encontrarás en los
repositorios originales no es la más actualizada. Para obtener la
última versión primero debes desinstalar cualquier versión previa
de QGIS, agregar la línea deb http://qgis.org/debian al
archivo /etc/apt/sources.list, luego añades el repositorio de
SAGA GIS de acuerdo a lo que se indica en
https://launchpad.net/~johanvdw/+archive/ubuntu/saga-gis. Para el
caso de Ubuntu 14.04 sería escribir:
deb http://ppa.launchpad.net/johanvdw/saga-gis/ubuntu trusty main
deb-src http://ppa.launchpad.net/johanvdw/saga-gis/ubuntu trusty main
De esta forma ya podrás usar las potencialidades de SAGA GIS en QGIS.